آثار سلبية على الموجة الصاعدة والمستمرّة بإعطاء المؤسسة العسكرية الدور الأساسي في شؤون الدولة والخروج عن دورها الأساسي، ومن أهمها: إضعاف المؤسسات المدنية الحكومية وتهميش دورها، وإلحاقها بتبعية الإدارة العسكرية التي ليس لديها خبرة في الملفات السياسية.