وكلّف النائب العام المصري المستشار نبيل صادق، أعضاء من النيابة العامة بالتحرك العاجل لموقع تفجير الكاتدرائية، وإجراء التحقيقات الفورية للتوصل إلى كيفية وقوعه.

وانتقل فريق من نيابة استئناف القاهرة إلى موقع الحادث لإجراء المعاينة اللازمة للكاتدرائية والمناطق المجاورة لمسرح الأحداث.

وبعدها، أصدر الفريق قرارات عاجلة اتخذتها النيابة العامة، منها مناظرة جثامين 25 جثة، وندب الطب الشرعي لتوقيع الكشف عليها وتحديد أسباب الوفاة وصرحت بدفنها، والانتقال إلى المستشفيات للاستماع إلى شهادات المصابين جراء الحادث، والتحفّظ على الكاميرات المتواجدة داخل وخارج الكنيسة، وتكليف المعمل الجنائي وخبراء المفرقعات بإجراء المعاينة لموقع التفجير ورفع آثاره وفحصها وبيان دلالتها وإعداد التقرير الفني اللازم. بالإضافة إلى تكليف جهاز الأمن الوطني وجهات البحث المختصة، بإجراء التحريات بشأن الحادث والتوصل لمرتكبيه والمحرضين عليه، لتحديد المسؤوليات الجنائية.

كذلك، انتقل النائب العام بشخصه إلى موقع حادث التفجير الذي وقع في الكنيسة، وقام بالمتابعة والمعاينة مع فريق النيابة العامة. وأكد أن النيابة لن تدخر أي جهد في التحقيقات للوصول لمنفذي تلك العملية، وتقديمهم للمحاكمة العاجلة للقصاص منهم.

وأبلغ صادق جموع القساوسة المتواجدين بالكنيسة أن "الرئيس المصري، عبد الفتاح السيسي يتابع مجريات الأحداث، وما آلت إليه الأوضاع بعد العمل الإرهابي، مشيراً إلى أن القضاة يقفون بجانب المسيحيين في مصيبتهم، وينقلون لكم تعازيهم على سقوط ضحايا جراء تلك العملية".

واستمع أثناء المعاينة إلى شرح تفصيلي من المستشارين رؤساء فرق المحققين، حول ما تم التوصل إليه من معلومات أثناء المعاينة، وقام بالدخول إلى منطقة بؤرة التفجير للوقوف على آثار التفجير، ونطاق الأضرار التي تسبب فيها التفجير.

وأظهرت المعاينة الأوّلية التي باشرها النائب العام وفريق النيابة العامة، أن التفجير قد وقع في الجانب الذي تجلس فيه السيدات أثناء أداء الصلوات، وأن هذا الأمر بدا واضحاً من وقع آثار التفجير وتناثر الأشلاء ومحتويات القنبلة المستخدمة.
​